Más de la mitad de las 8 líneas de investigación del Instituto Milenio BASE está enfocada en el análisis de la biodiversidad de sitios de estudio, incluyendo microorganismos, plantas y animales. Para ello se aplicarán diversas herramientas que van desde la biología molecular a la fisiología.
Nuestras instituciones albergantes son: Universidad de Chile (UCh), Pontificia Universidad Católica de Chile (PUC) en la región Metropolitana, Universidad de Concepción (UdeC) en la región del Bío Bío, Universidad Austral (UACh) en la región de Los Ríos y la Universidad de Magallanes (UMAG) en la región de Magallanes y la Antártica Chilena. Nuestras instituciones asociadas son: Instituto de Ecología y Biodiversidad (IEB) y Universidad Mayor en la región Metropolitana, la Universidad Católica del Maule en la región del Maule y el Instituto Antártico Chileno (INACH) y el Centro Internacional Subantártico Cabo de Hornos, CHIC (Cape Horn International Center) en la región de Magallanes y la Antártica Chilena.
Mientras que nuestras instituciones colaboradoras son: Centro de Investigación Dinámica de Ecosistemas Marinos de Altas Latitudes (IDEAL) y el Instituto Milenio en Socio-Ecología Costera (SECOS). Nuestro compromiso es fortalecer la articulación y trabajo con centros de investigación, y organismos que contribuyen a la toma de decisiones en Chile, a nivel nacional como regional.